De la sfarsitul anilor 1970, incidentul a fost obiectul unor controverse intense si obiectul unor teorii ale conspiratiei cu privire la natura reala a obiectului care s-a prabusit.
Armata Statelor Unite ale Americii sustine ca ceea ce s-a intamplat a fost doar recuperarea resturilor unui balon experimental de supraveghere la mare altitudine care apartinea unui program clasificat numit Mogul.Cu toate acestea, multi sustinatori ai OZN-uri spun ca, de fapt, o nava extraterestra s-a prabusit si cateva cadavre au fost recuperate si ca apoi militarii au inceput o operatiune de musamalizare.
Potrivit Daily Mail, in 2011, FBI a publicat un document pe site-ul oficial, in care agentul Guy Hottel spune ca un investigator al Fortelor aeriene ar fi declarat ca trei farfurii zburatoare au fost recuperate din New Mexico.Incidentul s-a transformat intr-un fenomen foarte cunoscut in cultura populara, ceea ce face ca numele Roswell sa fie sinonim cu OZN-urile. Este pe primul loc ca fiind unul dintre incidentele cele mai mediatizate si controversate despre un presupus OZN.